長期吃益生菌對肝腎是有害的，會增加肝腎負擔，還可能會累及腸道，因此應當遵醫囑使用。
益生菌屬於消化科中的常用藥物，能有效調節腸道菌群，改善因腸道菌群失調症導致的腹瀉及便秘等。如遵醫囑正確吃益生菌對於身體沒有害處，不會對肝腎造成任何負擔。而對於長時間服用益生菌的人群，容易導致外來輸入性菌群將體內菌群破壞掉，嚴重者體內菌群失調，需要依靠外來菌群，如將益生菌撤掉，可產生對菌群的依賴，甚至會導致原有的症狀加重，增加肝臟及腎臟負擔。
此外，長期吃益生菌，腸道內的某種有益菌數量增多，還會影響到其他有益菌群的繁殖，會加重腸道內菌群紊亂等表現。因此益生菌不能盲目長期吃，應當咨詢主治醫生，合理安排用量及使用時間。如有不適及時就診，以免延誤病情。
