新生兒膈疝術後常見的併發症有以下幾方面：
1.遺留疝囊，有可能形成囊腫或者導致膈疝復發。
2.膈疝復發，原因有疝囊遺留；修補膈肌缺損張力過大或膈肌薄弱縫線撕脫；胸腔或膈下感染，影響膈肌愈合；腹內壓力過大。
3.腸梗阻，多因並存腸扭轉不良或十二指腸粘連的未處理，經胸入路還納腸管扭轉，術後粘連引起。
4.氣胸，發生原因有：術中疝復位後縱隔迅速向患側移動，可能導致對側張力性氣胸；經腹手術時，胃部留置胸腔閉式引流管，通常會使肺膨脹，並排盡胸腔氣體，有可能發生氣胸；呼吸機輔助呼吸時，呼吸終末正壓壓力過高，可使肺過度膨脹發生氣壓傷和氣胸。另外術後併發症還有腎上腺功能不全，胃食管反流，脾蒂扭轉或脾壞死及胸腹腔感染等情況。需要密切關注術後狀況，如果一旦有病情變化，及時處理。
