HPV疫苗打三針的原因主要是為了更好的產生高效，長效的免疫。由於機體受到抗原性物質的刺激，產生抗體大約需要2-3周。但第1次產生的抗體數量很少，維持時間短。該抗體在預防HPV病毒中不能起到很大作用。全程接種HPV疫苗要經歷致敏接種和加強免疫的過程。
1.致敏接種：第一針和第二針的疫苗稱為致敏接種，使接種者產生抗體。在打了一針HPV疫苗之後，體內就會產生一定的抗體。在注射第二針之後，產生的抗體是初次反應的數十倍，抗體的作用時間也大幅延長；
2.加強免疫：第三次稱為加強免疫能使產生的抗體效價更高，預防效果更為持久。在注射第三針之後，體內再次激增的抗體數量將發揮長效免疫的作用，所以需要按規定的時間進行接種免疫。注射第3針後，體內的抗體將保持在一個相對穩定的水平。
