百日咳典型的臨床經過分為三期，（一）卡他期，從起病到陣發性痙咳出現，此期患者可以出現低熱，咳嗽，打噴嚏，流淚等，咳嗽開始為單聲的乾咳，3~4天後熱退，夜晚咳嗽重，早期的傳染性最強。（二）痙咳期，病程2-6周，此期不發熱，但是有特徵性的陣發性、痙攣性的咳嗽，患者發出雞鳴樣吸氣聲，有大量粘痰排出。（三）恢復期，此期陣發性的痙咳次數減少至消失，持續2-3周後咳嗽好轉痊癒，如果伴有併發症的時候病程可以長達數周。
百日咳的分期是比較典型的，假如是百日咳桿菌感染之後，首先出現痙攣的前期，這個階段就類似於感冒的早期表現，比如：出現咳嗽、流鼻涕、鼻子塞或者發燒的表現。在這個時期，一般是一個星期左右，跟普通的感冒看起來沒有甚麼大區別。第二個時期就是進入痙攣期，痙攣期最大的表現，就是典型的痙攣性咳嗽，咳嗽的比較劇烈，對於出現雞鳴樣的咳嗽，這是典型的。還有一些特別小的嬰幼兒，可能會沒有出現雞啼叫，但是會出現頻繁的，反復的窒息發作，這是由於咳嗽的比較劇烈，換氣不足。到了第三期就是恢復期，恢復期大概是幾天，或者2~3周左右，咳嗽會減輕，然後慢慢恢復。
如果按疾病的嚴重程度，可以分為輕型和重型，還有危重型，如果按這個疾病的發生發展規律是初期及其還有就是恢復期，東西是空的。
