中醫針灸時是需要消毒的，不但要對針灸所用的針進行消毒，也要對針刺時選取穴位的局部皮膚部位進行消毒，以防止感染或者是傳染病的發生。原則上是，一個穴位，一根棉簽進行消毒。
另外針灸前後操作者也應該洗手。因為針灸是一個有創的操作，可以避免局部皮膚出現感染的症狀。
另外，現代中醫針灸時所用的針都是一次性的，就是用一次以後就要丟掉。也有一些老醫生認為現在的一次性性不鏽鋼針效果不好，喜歡用銀針。
但是這些針也都需要高壓滅菌消毒，而且每個醫生的無菌觀念都很強，所以基本不會出現因為針灸導致的感染症狀或者傳染病的情況。
