長期吃金剛藤膠囊可能會有一定的危害如出現肝損傷，胃腸道不適以及過敏反應等不良反應。
1.肝損傷
金剛藤膠囊為單方制劑，由金剛藤組成，長期或者大量使用的情況下，有可能導致肝損傷，因為藥物是通過肝臟解毒，腎臟排泄，長期服用的情況下就可能會對肝功能、所以不要盲目服用。
2.胃腸道不適
金剛藤膠囊對腸胃有一定的刺激，在用藥後會出現惡心、嘔吐等症狀，這主要是金剛藤具有一定的寒性，對胃部有一定的刺激，一般飯後服用這些症狀消失。所以可以改為飯後服藥，以減輕胃腸道不適，但如果症狀嚴重或者停藥後症狀持續不消失，應及時與醫師溝通。
3.過敏反應
過敏性反應因為每個人的體質不一樣，所以有人對金剛藤膠囊會出現過敏，比如說服用之後會出現皮疹或者是皮膚瘙癢，一旦出現這種過敏現象立刻停止用藥。
