房顫最嚴重的併發症是腦卒中。
由於房顫患者的心房失去了有效的收縮功能，出現顫動而且顫動是不規律的，難以將心房內的血液推送進行時，這樣部分血液會留在心房內，造成心房內血液淤滯粘稠，血液就有可能在心房內形成血栓，心房內形成的血栓一旦脫落，隨著血液流動，就會導致外周血管的堵塞，我們把它稱為是栓塞，像腸系膜動脈栓塞，腎動脈栓塞的等，其中最嚴重的後果就是導致腦血管栓塞，腦血管栓塞還有可能會發生腦卒中。
一般來說，房顫患者腦卒中的患病率約為17%多，因此對於房顫患者，尤其是老年房顫患者，預防缺血性卒中的發生尤為重要。
