氟哌噻噸通常最大副作用是錐體外系反應。這是因為氟哌噻噸能阻斷多巴胺受體，影響神經系統正常功能。錐體外系反應表現多樣，如急性肌張力障礙，可出現局部肌肉持續痙攣；還有靜坐不能，讓人坐立不安；長期使用還可能引發遲發性運動障礙等。
除了錐體外系反應，氟哌噻噸還有其他副作用。對心血管系統可能產生影響，導致心律失常、體位性低血壓等，這是由於其對心血管系統的神經調節產生干擾。在精神方面，可能引起嗜睡、乏力等，影響日常活動和工作效率。還可能影響內分泌系統，導致催乳素水平升高，出現乳房增大、溢乳等現象。
使用氟哌噻噸時要多留意身體反應。若出現明顯不適症狀，應及時告知醫生。醫生會根據具體情況調整用藥劑量或更換藥物。患者需嚴格按醫囑服藥，不能自行增減劑量，以保障用藥安全和治療效果。
