流行性乙型腦炎的治療方式主要有一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持病室安靜、空氣流通。密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵。給予營養豐富、易消化的流質或半流質飲食，不能進食者可鼻飼，以保證營養供給。做好口腔護理、皮膚護理，防止發生褥瘡和肺部感染等併發症。這樣能為患者創造良好的治療環境，減少其他感染風險，利於身體恢復。
2. 對症治療：針對高熱，採用物理降溫為主，如冰敷、酒精擦浴等，配合藥物降溫，遵醫囑使用布洛芬混懸液、對乙酰氨基酚片、柴胡注射液等。抽搐者，保持呼吸道通暢，防止窒息，遵醫囑使用地西泮注射液、苯巴比妥鈉注射液、水合氯醛灌腸劑等控制驚厥。呼吸衰竭者，根據情況給予吸氧、保持呼吸道通暢，必要時使用呼吸興奮劑，如尼可剎米注射液、洛貝林注射液等，改善呼吸功能。通過對症處理，緩解患者的危急症狀，降低死亡率。
3. 抗病毒治療：在疾病早期可使用抗病毒藥物，遵醫囑使用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等，抑制病毒複製，減輕病毒對神經系統的損害，縮短病程，促進病情恢復。這些藥物能幹擾病毒核酸代謝，阻止病毒的繁殖和擴散，從而控制流行性乙型腦炎病情發展。
4. 中醫治療：根據患者症狀、體徵進行辯證論治，常見證型有衛氣同病、氣營兩燔、營血證等。採用清熱解毒、熄風開竅等治法，使用銀翹散、白虎湯、清營湯等方劑加減。還可配合針灸治療，選取百會、人中、合谷等穴位，調節機體氣血運行，改善神經功能，輔助治療流行性乙型腦炎。中醫治療從整體出發，調整人體陰陽平衡，增強機體抵抗力。
5. 康復治療：對於病情恢復期有肢體運動障礙、語言障礙、智力減退等後遺症的患者，進行康復訓練。包括物理治療，如按摩、推拿、熱敷等，促進血液循環，防止肌肉萎縮；運動療法，指導患者進行肢體的主動和被動運動，恢復肢體功能；語言訓練，通過發音、對話練習等提高語言表達能力。幫助患者最大程度恢復身體功能，提高生活質量。
流行性乙型腦炎患者在治療後，日常生活中要注意休息，保證充足睡眠，避免勞累。飲食上逐漸增加營養攝入，多吃富含蛋白質、維生素的食物。按醫囑定期復查，瞭解身體恢復情況。若出現不適症狀，應及時就醫。
