流行性乙型腦炎的聯合治療包括一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫中藥治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持病室安靜、空氣流通。密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵及意識、瞳孔變化。做好口腔和皮膚護理，防止壓瘡和肺部感染等併發症。給予營養豐富、易消化的流質或半流質飲食，不能進食者可鼻飼，以保證機體能量供應，維持水電解質平衡，為患者恢復創造良好的基礎條件。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫，如冰敷、酒精擦浴等，同時遵醫囑使用對乙酰氨基酚片、布洛芬膠囊、柴胡注射液等退熱藥物。對於驚厥或抽搐，需去除病因，如因腦水腫引起，可遵醫囑使用甘露醇注射液、呋塞米片、甘油果糖注射液等脫水劑降低顱內壓；因呼吸道分泌物堵塞致腦細胞缺氧引起，則應及時吸痰、保持呼吸道通暢。呼吸衰竭是乙腦的嚴重症狀，可根據情況使用呼吸興奮劑，如洛貝林注射液、尼可剎米注射液等，必要時進行氣管插管或氣管切開，使用人工呼吸器輔助呼吸。
3. 抗病毒治療：流行性乙型腦炎由病毒感染引起，抗病毒治療能抑制病毒複製，減輕病毒對神經系統的損害。常用藥物如遵醫囑使用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等。這些藥物可干擾病毒核酸的合成，阻止病毒在體內的繁殖和擴散，從而緩解病情，降低病毒對神經細胞的損傷，促進患者康復。
4. 中醫中藥治療：中醫根據患者症狀、體徵進行辨證論治。對於急性期，若屬衛氣同病，治以清熱解毒、辛涼透表，常用銀翹散合白虎湯加減；若為氣營兩燔，治以清氣涼營、瀉火解毒，可用清瘟敗毒飲加減。還可採用針灸療法，選取百會、人中、合谷、內關等穴位，以醒腦開竅、鎮驚止痙。中藥的多種成分相互協同，可調節機體免疫功能，減輕炎症反應，促進神經功能恢復。
5. 康復治療：對於病情恢復期有肢體癱瘓、語言障礙、智力減退等後遺症的患者，康復治療至關重要。通過按摩、推拿、針灸、理療等方法，促進肢體血液循環，防止肌肉萎縮，改善肢體運動功能。進行語言訓練，從簡單的發音、詞彙開始，逐漸增加難度，提高語言表達能力。開展認知訓練，如記憶訓練、思維訓練等，幫助患者恢復智力。康復治療可最大程度改善患者的生活質量，使其盡可能回歸正常生活。
流行性乙型腦炎患者治療後要注意休息，保證充足睡眠，利於身體恢復。飲食上逐漸增加營養攝入，多吃富含蛋白質、維生素等營養物質的食物。避免前往蚊蟲多的場所，做好防蚊措施，防止再次感染。按醫囑定期復查，以便及時瞭解身體恢復情況，如有不適及時就醫。
