流行性乙型腦炎的治療措施主要有一般治療、對症治療、抗病毒治療、中醫中藥治療、康復治療等。
1. 一般治療：流行性乙型腦炎患者需隔離於有防蚊和降溫設施的病房，保持安靜，密切觀察體溫、呼吸、脈搏、血壓等生命體徵。給予營養豐富、易消化的流質或半流質飲食，不能進食者可鼻飼。做好口腔護理、皮膚護理，防止壓瘡和肺部感染等併發症。這樣能為患者創造良好的治療環境，維持身體基本營養需求，減少其他疾病發生風險，利於身體恢復。
2. 對症治療：針對高熱，可採用物理降溫如冰敷、酒精擦浴等，配合藥物降溫，遵醫囑用布洛芬混懸液、對乙酰氨基酚片、柴胡注射液等。抽搐者，去除病因，保持呼吸道通暢，遵醫囑用地西泮注射液、苯巴比妥鈉注射液、水合氯醛灌腸劑控制驚厥。呼吸衰竭者，保持氣道通暢，必要時使用呼吸興奮劑如洛貝林注射液、尼可剎米注射液等，改善通氣功能，糾正呼吸異常，避免病情惡化。
3. 抗病毒治療：流行性乙型腦炎由病毒感染引起，早期使用抗病毒藥物可抑制病毒複製。遵醫囑用利巴韋林注射液、阿昔洛韋片、更昔洛韋膠囊等，這些藥物能幹擾病毒核酸代謝，阻止病毒在體內進一步擴散和繁殖，減輕病毒對神經系統的損害，促進病情好轉。
4. 中醫中藥治療：根據患者症狀體徵辯證論治，常用清熱解毒、熄風開竅等方劑。如白虎湯合銀翹散加減，可起到清熱透表作用；安宮牛黃丸、紫雪丹等中成藥也可酌情使用，有助於醒腦開竅。中醫中藥從整體調理患者身體機能，增強機體抵抗力，輔助緩解流行性乙型腦炎症狀。
5. 康復治療：對於病情恢復期有肢體運動障礙、語言障礙、智力減退等後遺症的患者，進行康復訓練。包括物理治療如按摩、針灸、理療等促進肢體功能恢復；語言訓練幫助恢復語言表達能力；認知訓練改善智力。通過康復治療可最大程度改善患者生活質量，促進神經功能恢復。
注意事項：患者在恢復期間要注意休息，保證充足睡眠，避免勞累。飲食上逐漸增加營養攝入，多吃富含蛋白質和維生素的食物。按醫囑定期復查，如有不適及時就醫，確保身體完全康復。
