一般來說，無痛胃鏡的麻醉不會有明顯後遺症。無痛胃鏡麻醉是通過靜脈注射短效麻醉藥物使人處於麻醉狀態以完成檢查。但個體存在差異，部分人可能出現短暫不適。
無痛胃鏡使用的麻醉藥物起效快、代謝快。在檢查過程中，能讓受檢者在無痛覺狀態下順利完成操作。多數人在麻醉藥物代謝後，身體能較快恢復正常，不會留下長期不良影響。
少數人可能在麻醉蘇醒後出現一些輕微症狀。比如頭暈，因為麻醉藥物對神經系統的作用尚未完全消退，一般經過適當休息後可緩解。還有惡心、嘔吐，這可能與麻醉藥物刺激胃腸道有關，通常也會在短時間內自行消失。另外，若本身存在心肺功能不佳等基礎疾病，麻醉過程中可能面臨一定風險，不過在專業醫生評估和操作下，風險會被控制在較低水平。
做完無痛胃鏡後，要在醫院觀察一段時間，確保身體無異常方可離開。回家後要注意休息，避免從事高空作業、駕駛等需要高度集中注意力的活動。飲食上，先從清淡易消化的食物開始，逐漸恢復正常飲食。若出現持續不適症狀，應及時就醫。
