手足口病病程分出疹期、神經系統受累期、心肺功能衰竭前期、心肺功能衰竭期、恢復期等。
1. 出疹期：此階段主要表現為發熱，手、足、口、臀等部位出現散在皮疹或皰疹。口腔黏膜可見散在皰疹，疼痛明顯，部分患兒可伴有咳嗽、流涕、食慾不振等症狀。發熱一般為低熱或中度發熱，少數患兒體溫可超過38.5℃，皮疹通常在發熱1 - 2天後出現。
2. 神經系統受累期：多發生在病程1 - 5天內，表現為精神差、嗜睡、易驚、頭痛、嘔吐、煩躁、肢體抖動、急性肢體無力、頸項強直等腦膜炎、腦炎、脊髓灰質炎樣綜合徵、腦脊髓炎症狀體徵。腦脊液檢查可出現壓力增高、白細胞計數增多等改變。
3. 心肺功能衰竭前期：多發生在病程5天內，表現為心率、呼吸增快，出冷汗、皮膚花紋、四肢發涼，血壓升高，血糖升高，外周血白細胞WBC升高，心臟射血分數可異常。此期若不及時有效救治，病情可迅速進展至心肺功能衰竭期。
4. 心肺功能衰竭期：病情繼續發展，出現心肺功能衰竭，可表現為心動過速個別患兒心動過緩、呼吸急促、口唇發紺、咳粉紅色泡沫痰或血性液體、血壓降低或休克。亦有病例以嚴重腦功能衰竭為主要表現，肺水腫不明顯，出現頻繁抽搐、嚴重意識障礙及中樞性呼吸循環衰竭等。
5. 恢復期：體溫逐漸恢復正常，神經系統受累症狀和心肺功能逐漸恢復，皮疹逐漸消退。一般在病程2周左右進入恢復期，多數患兒預後良好，不留後遺症。
手足口病病情變化較快，家長需密切關注患兒症狀。日常要注意保持環境清潔、定期消毒，培養良好的個人衛生習慣，如勤洗手等。一旦發現患兒出現異常症狀，應及時就醫並嚴格遵醫囑治療護理，以促進康復。
