先天性巨結腸通常具有一定的遺傳傾向，但並非一定會遺傳。先天性巨結腸是多基因遺傳疾病，遺傳因素在其發病中起到一定作用，同時環境因素也可能影響發病幾率。
先天性巨結腸是由於腸壁神經節細胞缺如或發育不良，導致病變腸段持續痙攣，糞便淤滯於近端結腸，使該段腸管肥厚、擴張。家族中有先天性巨結腸患者，其親屬發病風險會高於普通人群。不過，遺傳模式較為複雜，並非簡單的單基因遺傳。
除遺傳因素外，孕期母親的健康狀況也可能影響胎兒。如孕期母親受到病毒感染、接觸有害物質、缺乏營養等，都可能增加胎兒患先天性巨結腸的風險。而且即使家族中無相關病史，胎兒也可能因其他未知因素患上該病。
對於有先天性巨結腸家族史的備孕人群，建議進行遺傳咨詢和相關檢查，瞭解自身遺傳風險。孕期女性要注意保持健康的生活方式，避免接觸有害物質，定期產檢，以便及時發現問題並採取措施。若孩子出現相關症狀，應及時就醫診斷治療，嚴格遵循醫生的治療方案。
