結核性腸炎的治療方法主要有藥物治療、營養支持治療、對症治療、中醫治療、手術治療等。
1. 藥物治療：對於結核性腸炎，常用的藥物有吡嗪酰胺片、異煙肼片、利福平膠囊。吡嗪酰胺片能殺滅巨噬細胞內酸性環境中的結核菌，結核性腸炎由結核分枝桿菌感染引起，可抑制其生長繁殖。異煙肼片對結核桿菌有高度選擇性，能阻礙結核菌細胞壁的合成。利福平膠囊能抑制結核菌RNA的合成，從而達到殺菌作用。這些藥物聯合使用，遵循早期、規律、全程、適量、聯合的原則，可有效控制結核桿菌感染，緩解結核性腸炎症狀。
2. 營養支持治療：結核性腸炎患者因腸道病變，營養吸收受影響。給予高熱量、高蛋白、高維生素且易消化的食物，如牛奶、雞蛋、新鮮蔬果等。充足的營養能增強患者免疫力，為身體對抗結核桿菌提供物質基礎，有助於受損腸道黏膜的修復，改善患者整體營養狀況，提高機體對疾病的抵抗力，促進結核性腸炎的恢復。
3. 對症治療：針對結核性腸炎出現的不同症狀進行處理。若有腹痛，可使用山莨菪鹼片等解痙藥物緩解腸道痙攣，減輕疼痛。腹瀉嚴重時，使用蒙脫石散止瀉，保護腸道黏膜。出現腸梗阻等嚴重併發症時，需採取相應措施緩解梗阻。對症治療能減輕患者痛苦，維持身體正常生理功能，為抗結核治療創造良好條件，利於結核性腸炎病情穩定。
4. 中醫治療：中醫通過辨證論治，採用中藥方劑調理。如對於脾胃虛弱型結核性腸炎，可能使用參苓白術散加減，以健脾益氣、滲濕止瀉。中藥可調節人體整體的陰陽平衡，增強機體的抵抗力，改善腸道的功能狀態，輔助抗結核治療，減輕西藥的不良反應，促進結核性腸炎患者身體的恢復。
5. 手術治療：當結核性腸炎出現嚴重併發症，如完全性腸梗阻、腸道穿孔、大量腸道出血經保守治療無效等情況時，需考慮手術治療。手術切除病變腸段，解除梗阻、修復穿孔等，可迅速緩解病情，輓救患者生命。但手術創傷大，且術後仍需繼續抗結核治療，以防止結核復發，適用於藥物治療效果不佳且病情嚴重的結核性腸炎患者。
治療期間要嚴格按照醫生要求用藥，不可自行增減藥量或停藥。保證充足休息，避免過度勞累，讓身體有足夠精力恢復。定期復查，包括血常規、糞便檢查、腹部影像學檢查等，以便及時瞭解治療效果，調整治療方案。
