肛瘻的治療原則是以手術治療為主，同時注意術後護理和預防復發等。肛瘻的治療方法包括堵塞法、瘻管切開術、掛線療法、肛瘻切除術等。
1. 堵塞法：
適用於單純性肛瘻，尤其是初次發作或經手術治療後復發且瘻管較表淺的患者。通過生物材料或藥物對瘻管進行填充，以促進瘻管愈合。該方法操作簡便，但復發率較高。
2. 瘻管切開術：
是治療肛瘻的常用方法之一。將瘻管全部切開，靠肉芽組織生長使傷口愈合。適用於低位肛瘻，術後傷口愈合時間相對較短。
3. 掛線療法：
利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘻。適用於距肛門3 - 5cm 內，有內、外口的低位或高位單純性肛瘻，或作為複雜性肛瘻切開、切除的輔助治療。該方法最大的優點是不會造成肛門失禁。
4. 肛瘻切除術：
將瘻管全部切除直至健康組織。適用於低位單純性肛瘻。手術創面較大，愈合時間較長，但復發率較低。
在治療肛瘻的過程中，患者應注意保持肛門局部清潔，養成良好的飲食習慣，避免辛辣刺激性食物，保持大便通暢。同時，患者應遵醫囑定期復查，以便及時發現並處理可能出現的問題。
