不存在治療灰指甲效果最好的藥。灰指甲醫學上稱為甲癬，是由皮膚癬菌侵犯甲板及甲下所引起的疾病，治療藥物需根據具體情況選擇。
外用藥物方面，阿莫羅芬搽劑是常用的一種。它能在甲板表面形成一層保護膜，持續釋放藥物，抑制真菌生長。適用於症狀較輕、病甲較少的情況。使用時需按照說明書規範操作，一般每周使用 1 - 2 次，要堅持使用數月，因為指甲生長緩慢，新的健康指甲完全長出需要一定時間。
環吡酮胺乳膏也有不錯的療效。它可以深入甲板，對多種真菌有殺滅作用。同樣適用於早期、症狀不太嚴重的灰指甲。塗抹時要均勻覆蓋病甲，輕輕按摩促進吸收。
口服藥物常用於病情較重、多個指甲受累的情況。伊曲康唑是一種高效的抗真菌藥，採用衝擊療法，即每天服用一定劑量，連續服用 1 周，停藥 3 周為一個療程，一般手指甲需 2 - 3 個療程，腳趾甲需 3 - 4 個療程。但服用伊曲康唑可能會對肝臟有一定影響，用藥期間需定期檢查肝功能。
特比萘芬也是口服抗真菌的常用藥，它能特異性地干擾真菌固醇的早期生物合成，從而達到殺菌的效果。通常需要連續服用較長時間，手指甲一般需 6 - 8 周，腳趾甲需 12 - 16 周。
治療灰指甲要根據病情嚴重程度、病甲數量等因素合理選擇藥物。用藥過程中要嚴格按照醫生的囑咐，按時、按量使用。同時，要注意個人衛生，保持手足清潔乾燥，避免與他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染，以促進灰指甲的康復。
