甲狀腺結節兩側都有可通過定期觀察、藥物治療、放射性碘治療、微波消融治療、手術治療等方法處理。
1. 定期觀察：對於大多數良性且無症狀的甲狀腺結節兩側都有的情況，定期觀察是常見的處理方式。因為很多甲狀腺結節生長緩慢，對甲狀腺功能及周圍組織無明顯影響。一般建議每 3 - 6 個月進行甲狀腺超聲檢查，觀察結節的大小、形態、邊界等特徵是否有變化。同時，定期檢測甲狀腺功能指標，如 TSH、FT3、FT4 等，瞭解甲狀腺功能狀態。若結節無明顯變化，可繼續保持觀察。
2. 藥物治療：針對伴有甲狀腺功能異常的甲狀腺結節兩側都有的情況。左甲狀腺素鈉片，通過補充甲狀腺激素，抑制促甲狀腺激素TSH分泌，減少對甲狀腺結節的刺激，從而可能使結節縮小。夏枯草膠囊，具有清火、散結等功效，可在一定程度上緩解甲狀腺結節引起的不適。小金丸，能化瘀消腫、散結止痛，對改善甲狀腺結節的症狀有一定幫助。這些藥物需嚴格遵醫囑使用。
3. 放射性碘治療：適用於自主功能性甲狀腺結節兩側都有且導致甲狀腺功能亢進的情況。放射性碘會被甲狀腺細胞攝取，利用其發射的β射線破壞部分甲狀腺組織，減少甲狀腺激素的合成與釋放，從而控制甲亢症狀，同時也可能使結節縮小。因為甲狀腺細胞對碘有高度攝取能力，所以放射性碘能精准作用於甲狀腺，達到治療目的。
4. 微波消融治療：對於良性且有美容需求或壓迫症狀不嚴重的甲狀腺結節兩側都有情況適用。通過微波產生的熱量使結節組織發生凝固性壞死，隨後壞死組織會逐漸被機體吸收。這種方法能在局部精准破壞結節組織，對周圍正常甲狀腺組織損傷較小，能較好地保留甲狀腺功能，同時具有創傷小、恢復快、美容效果好等優點。
5. 手術治療：當甲狀腺結節兩側都有且高度懷疑惡變、結節較大產生壓迫症狀如壓迫氣管、食管等情況時需進行手術。手術直接切除病變的甲狀腺組織，能徹底去除病灶。對於惡性結節，手術切除可防止癌細胞擴散轉移；對於有壓迫症狀的結節，切除後能解除壓迫，恢復正常生理功能。但手術存在一定風險，如出血、損傷喉返神經等，需謹慎評估。
在處理甲狀腺結節兩側都有的過程中，要保持健康的生活方式，包括規律作息、均衡飲食，減少含碘豐富食物的過量攝入。按照要求定期復查各項指標，以便及時發現問題並調整治療方案。若出現頸部疼痛、呼吸困難等異常情況，應及時就醫。
