小兒雙磺甲氧苄啶顆粒的副作用有過敏反應、胃腸道反應、血液系統反應、肝腎功能損害、中樞神經系統反應等。
1. 過敏反應：較為常見。可表現為藥疹，嚴重者可發生滲出性多形紅斑、剝脫性皮炎和大皰表皮松解萎縮性皮炎等；也有表現為光敏反應、藥物熱、關節及肌肉疼痛、發熱等血清病樣反應。偶見過敏性休克。
2. 胃腸道反應：比較常見。可能會出現惡心、嘔吐、食慾減退、腹瀉等症狀，一般症狀相對較輕，但也可能影響患兒的進食和營養攝入。
3. 血液系統反應：相對常見。可導致白細胞減少或缺乏症、血小板減少症及再生障礙性貧血。患者可出現乏力、頭暈、面色蒼白等表現，嚴重時可能會有出血傾向。
4. 肝腎功能損害：相對少見。可能會引起黃疸、肝功能減退，嚴重者可發生急性肝壞死。對腎臟也可能造成損害，出現結晶尿、血尿和管型尿等。
5. 中樞神經系統反應：較為罕見。偶可發生精神錯亂、定向力障礙、幻覺、欣快感或抑鬱感等。
在使用小兒雙磺甲氧苄啶顆粒時，要密切關注患兒的身體反應。如果出現上述不良反應或其他異常表現，應及時停藥並告知醫生。對於有過敏史、肝腎功能不全等特殊情況的患兒，更應謹慎使用，根據具體情況由醫生權衡利弊後決定是否用藥。
