腱鞘囊腫會痛可能是過度勞損、外傷、關節退變、感染、先天性因素等因素引起，需要針對病因治療，可採取的方法有休息、藥物治療、手術治療等。
1. 過度勞損：長期重復手部或腕部的動作，使腱鞘頻繁摩擦，導致局部出現無菌性炎症，引發疼痛。應減少手部活動，多休息。可遵醫囑外用雙氯芬酸二乙胺乳膠劑、雲南白藥膏、氟比洛芬凝膠貼膏，促進炎症消退，緩解疼痛。
2. 外傷：局部受到撞擊、扭傷等，損傷腱鞘組織，引起疼痛。受傷早期可冷敷，減輕腫脹疼痛。後期熱敷，促進血液循環。疼痛明顯時，遵醫囑口服布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片、洛索洛芬鈉片止痛。
3. 關節退變：隨著年齡增長，關節軟骨磨損，周圍組織發生退變，刺激腱鞘囊腫引發疼痛。可佩戴護具保護關節，適當進行康復鍛鍊。也可在醫生指導下關節腔內注射玻璃酸鈉注射液，改善關節功能。
4. 感染：細菌等病原體入侵腱鞘，引發感染，導致疼痛。需使用抗生素治療，如遵醫囑口服阿莫西林膠囊、頭孢克肟分散片、羅紅霉素膠囊，控制感染。
5. 先天性因素：部分人因先天性腱鞘發育異常，易形成囊腫並疼痛。症狀較輕時可觀察，嚴重時需手術切除囊腫。
日常要注意避免患處過度用力和頻繁活動，注意保暖，防止受寒。按照醫生要求定期復查，瞭解恢復情況，若疼痛加重或出現其他異常及時就醫。
