直腸黏膜下垂的治療方法有藥物治療、注射治療、物理治療、中醫治療、手術治療等。
1. 藥物治療：對於直腸黏膜下垂，可使用補中益氣顆粒，其能提升中氣，增強脾胃功能，有助於改善直腸黏膜下垂狀況，通過調節身體機能，使直腸恢復到相對正常位置；麻仁潤腸丸，以丸劑形式，能有效潤腸通便，減輕排便時對直腸黏膜的壓力，避免因用力排便加重下垂；地奧司明片，可增強靜脈張力，改善局部血液循環，緩解直腸黏膜的淤血狀態，從而對直腸黏膜下垂起到輔助治療作用，具體使用需嚴格按照醫生囑咐。
2. 注射治療：針對直腸黏膜下垂，將硬化劑注射到直腸黏膜下層，使黏膜與肌層產生無菌性炎症，粘連固定。比如消痔靈注射液，能使鬆弛的直腸黏膜與肌層緊密相連，增強直腸黏膜的穩定性，阻止其繼續下垂。這種方法直接作用於病變部位，通過化學作用改變組織狀態，達到提升和固定直腸黏膜的目的。
3. 物理治療：利用儀器對直腸黏膜下垂部位進行刺激和修復。如採用生物反饋療法，通過儀器監測患者的盆底肌肉活動情況，讓患者直觀瞭解並學會正確收縮和放鬆盆底肌肉，增強盆底肌肉力量，從而對直腸起到支撐作用，改善直腸黏膜下垂。還有電刺激療法，通過電流刺激盆底肌肉，促進肌肉收縮，提高肌肉功能，幫助直腸恢復正常位置。
4. 中醫治療：中醫通過辯證論治，採用中藥方劑調理身體。對於脾虛氣陷型直腸黏膜下垂，常用補中益氣湯加減，以黃芪、人參等藥物補中益氣，提升下陷之氣，使直腸黏膜恢復正常。還可配合針灸治療，選取百會、長強、足三里等穴位，通過針刺穴位，激發經氣活動，調節臟腑功能，增強機體的升提之力，改善直腸黏膜下垂症狀。
5. 手術治療：當直腸黏膜下垂較為嚴重，保守治療效果不佳時，可考慮手術。如直腸黏膜環切術，切除多餘的下垂黏膜組織，重新吻合直腸黏膜，使直腸恢復正常形態和功能。還有直腸懸吊固定術，通過將直腸固定在周圍組織上，增強直腸的穩定性，防止其繼續下垂。手術能直接解決直腸黏膜下垂的根本問題，但手術有一定風險，需謹慎評估。
治療期間要保持大便通暢，避免用力排便，防止增加腹壓加重病情。飲食上多吃富含膳食纖維的食物，促進腸道蠕動。同時要注意休息，避免長時間站立或久坐，適當進行提肛運動，增強盆底肌肉力量，定期復查，以便醫生根據恢復情況調整治療方案。
