肛門疼痛時，常見的檢查包括視診、指診、肛門鏡檢查、直腸超聲檢查、排糞造影檢查等。
1.視診：醫生會直接觀察肛門周圍的皮膚情況，查看是否有外痔、肛裂、肛周膿腫等明顯的病變。比如外痔通常表現為肛門周圍有柔軟的腫塊；肛裂則可能看到肛門皮膚上有裂口，周圍皮膚可能伴有紅腫。
2.指診：醫生戴上手套，塗抹潤滑劑後將手指伸入肛門進行觸摸檢查。可以瞭解肛門括約肌的緊張度，觸摸到內痔、肛瘻的內口、直腸息肉等病變，還能判斷是否有腫物以及腫物的質地、大小、活動度等情況。
3.肛門鏡檢查：通過肛門鏡可以更清晰地觀察到肛管和直腸下段的黏膜情況。能發現內痔、肛乳頭肥大、直腸黏膜脫垂等疾病，對於一些微小的病變也能及時察覺，比如黏膜的充血、糜爛等。
4.直腸超聲檢查：利用超聲探頭對直腸進行檢查，有助於發現直腸周圍的膿腫、肛瘻的瘻管走向等情況，對於判斷病變的深度和範圍有重要意義。
5.排糞造影檢查：主要用於觀察排便過程中直腸、肛管的形態變化以及盆底肌肉的功能狀態。對於一些功能性排便障礙導致的肛門疼痛有診斷價值。
肛門疼痛的原因較為複雜，不同的檢查方法有其各自的優勢和適用範圍。患者應積極配合醫生的檢查，如實告知自身的症狀和病史，以便醫生能準確判斷病情，制定合適的治療方案。如果檢查後需要進一步治療或觀察，應按照醫生的安排定期復診。
