口腔黏膜黏液囊腫的發生可能是局部創傷、導管系統阻塞、黏液腺分泌功能亢進、遺傳因素、環境因素等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有手術切除、藥物治療等。
1. 局部創傷：平時進食時不小心咬傷口腔黏膜，或者佩戴不合適的假牙等，都可能導致局部創傷，使黏液腺導管破裂，黏液外滲形成囊腫。對於較小的囊腫，可先觀察，保持口腔清潔，避免再次創傷。若囊腫較大，通常採取手術切除，完整摘除囊腫及相連的黏液腺組織，防止復發。
2. 導管系統阻塞：口腔衛生不良，食物殘渣、牙結石等堵塞黏液腺導管，導致黏液排出不暢，從而形成囊腫。要注意口腔衛生，早晚正確刷牙，飯後使用清水或漱口水漱口。對於輕度堵塞，可在醫生操作下，用生理鹽水沖洗導管。若堵塞嚴重，需手術切開導管，清除堵塞物。
3. 黏液腺分泌功能亢進：某些情況下，如局部炎症刺激等，可使黏液腺分泌功能增強，分泌過多黏液，超出導管的排出能力，進而形成囊腫。可遵醫囑使用西瓜霜噴劑、冰硼散、康復新液，促進局部炎症消退，減少黏液分泌。同時積極治療口腔內的炎症病灶，如牙齦炎、牙周炎等。
4. 遺傳因素：部分患者存在家族遺傳傾向，導致口腔黏膜黏液囊腫的發生。對於此類患者，若囊腫較小且無症狀，可定期復查觀察變化。若囊腫影響生活，如進食、說話等，一般建議手術切除，術後需定期復診。
5. 環境因素：長期處於高溫、乾燥環境，或接觸某些化學物質等，可能影響口腔黏膜的正常生理功能，誘發囊腫。盡量改善環境條件，避免長時間處於不良環境。若囊腫出現，根據大小和症狀，選擇觀察、藥物治療或手術切除等方式。
治療後要保持口腔清潔，養成良好的口腔衛生習慣，飲食上避免食用辛辣、刺激性食物，減少對口腔黏膜的刺激。按照醫生要求定期復診，以便及時發現問題並處理。
