孤立性直腸潰瘍綜合徵應與以下疾病進行鑒別：潰瘍性結腸炎、克羅恩病、缺血性結腸炎、直腸惡性腫瘤、放射性直腸炎等。
一、潰瘍性結腸炎：常表現為反復發作的腹瀉、黏液膿血便，伴有腹痛、里急後重等症狀，病變多累及直腸及結腸，內鏡下可見黏膜瀰漫性充血、水腫、糜爛及潰瘍形成，潰瘍較淺且瀰漫。
2.克羅恩病：可累及全消化道，以回腸末端及右半結腸多見。症狀多樣，包括腹痛、腹瀉、腹部包塊等，內鏡下可見縱行潰瘍、鵝卵石樣改變等特徵性表現，病變呈節段性分布。
3.缺血性結腸炎：多因血管供血不足引起，常見於老年人，發病前有心血管疾病等危險因素。表現為突發的左下腹或下腹部疼痛，隨後出現便血，結腸鏡下可見黏膜充血、水腫、瘀斑及潰瘍，潰瘍邊緣不規則。
4.直腸惡性腫瘤：早期症狀不明顯，隨著病情進展可出現便血、排便習慣改變、直腸刺激症狀等。直腸指檢可觸及腫塊，結腸鏡及病理檢查可明確診斷。
5.放射性直腸炎：多發生在盆腔放療後，表現為直腸黏膜充血、水腫、潰瘍，伴有里急後重、便血等症狀，且症狀與放療時間相關。
注意，孤立性直腸潰瘍綜合徵的鑒別診斷較為複雜，需要結合患者的臨床表現、病史、內鏡檢查及病理結果等多方面因素進行綜合判斷。在診斷過程中，應密切觀察患者的病情變化，及時調整診斷和治療方案，以避免誤診和漏診。如有疑慮，應及時請相關專科醫生會診，以明確診斷並制定合理的治療計劃。
