治療腸道念珠菌感染可採用藥物治療、調整飲食、補充益生菌、改善生活習慣、手術治療等方法。
1. 藥物治療：腸道念珠菌感染主要是念珠菌在腸道異常繁殖引發。抗真菌藥物能抑制或殺滅念珠菌，從而控制感染。常用藥物有氟康唑膠囊，能高度選擇性地抑制真菌的細胞色素P450酶，影響真菌細胞膜麥角固醇的合成，使真菌細胞膜通透性改變，抑制其生長繁殖；伊曲康唑分散片，可通過抑制真菌細胞膜上麥角固醇的合成，導致真菌細胞膜結構和功能異常，達到抗菌效果；制霉菌素片，能與真菌細胞膜上的甾醇相結合，致細胞膜通透性的改變，以致重要細胞內容物漏失而發揮抗真菌作用，需嚴格按醫生要求使用。
2. 調整飲食：腸道念珠菌感染時，不良飲食可能加重症狀。調整飲食可減少念珠菌的食物來源，抑制其生長。應避免高糖食物，如糖果、甜飲料等，因為念珠菌喜好糖分，高糖環境利於其繁殖。減少精制穀物攝入，像白麵包、白米飯等，這類食物消化吸收快，會使血糖快速上升，為念珠菌提供適宜生長環境。增加富含膳食纖維食物，如蔬菜、水果、全穀物等，可促進腸道蠕動，幫助排出念珠菌及代謝產物。
3. 補充益生菌：腸道內菌群失衡是念珠菌感染的重要原因之一。補充益生菌能調節腸道菌群平衡，抑制念珠菌生長。雙歧桿菌四聯活菌片，能在腸道內形成生物屏障，阻止念珠菌等有害菌的黏附和定植，還可產生短鏈脂肪酸等物質，降低腸道pH值，抑制念珠菌生長；地衣芽孢桿菌活菌膠囊，可促使機體產生抗菌活性物質、殺滅致病菌，同時通過奪氧生物效應使腸道缺氧，有利於腸道原籍有益菌雙歧桿菌等生長，抑制念珠菌；布拉氏酵母菌散，能調節腸道微生態環境，增強腸道屏障功能，抑制念珠菌在腸道的黏附和繁殖。
4. 改善生活習慣：不良生活習慣會削弱身體免疫力，利於念珠菌感染。規律作息可使身體各器官和免疫系統正常運轉，增強免疫力，更好抵御念珠菌入侵。適度運動能促進血液循環，增強腸道蠕動，有助於排出腸道內的有害物質和念珠菌。戒煙限酒，煙草中的尼古丁等有害物質和酒精會損害腸道黏膜，破壞腸道屏障功能，戒煙限酒可減少對腸道的刺激，維護腸道健康，降低念珠菌感染風險。
5. 手術治療：在極少數情況下，如腸道念珠菌感染引發嚴重併發症，像腸穿孔、腸梗阻等，才考慮手術治療。腸穿孔時，腸道內容物流入腹腔，會引發嚴重的腹腔感染，此時需手術修復穿孔部位，清理腹腔內感染物質，防止感染進一步擴散。腸梗阻會導致腸道內容物無法正常通過，引起腸道擴張、壞死等嚴重後果，手術可解除梗阻，恢復腸道通暢，避免病情惡化危及生命。
治療期間要嚴格按照醫生的囑咐用藥，不可自行增減藥量或停藥。保持良好的個人衛生習慣，勤洗手，尤其是在飯前便後。注意飲食衛生，避免食用不潔食物。定期復查，以便醫生及時瞭解治療效果，根據病情調整治療方案。
