生殖器潰瘍可能是外傷、感染、過敏、自身免疫性疾病、性傳播疾病等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有清創護理、抗感染、抗過敏、免疫調節、針對性治療等。
1. 外傷：性生活過於激烈、外力摩擦等導致生殖器局部破損形成潰瘍。應保持局部清潔，避免二次損傷。可使用碘伏消毒，塗抹莫匹羅星軟膏、紅霉素軟膏、復方多粘菌素B軟膏，遵醫囑用藥，促進傷口愈合。
2. 感染：細菌、真菌、病毒等病原體入侵引發感染造成潰瘍。細菌感染可口服頭孢克肟膠囊、阿莫西林膠囊、左氧氟沙星片，遵醫囑用藥；真菌感染可外用克霉唑乳膏、酮康唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏；病毒感染如單純皰疹病毒，可口服阿昔洛韋片、伐昔洛韋片、泛昔洛韋片，遵醫囑使用。
3. 過敏：接觸某些過敏原，如避孕套、清潔劑等引起過敏反應出現潰瘍。需及時脫離過敏原，口服氯雷他定片、西替利嗪片、依巴斯汀片，遵醫囑用藥，局部塗抹地奈德乳膏、糠酸莫米松乳膏、鹵米松乳膏。
4. 自身免疫性疾病：如白塞病累及生殖器出現潰瘍。可使用糖皮質激素如潑尼松片、甲潑尼龍片、地塞米松片，遵醫囑用藥，還可聯合免疫抑制劑如環磷酰胺片、硫唑嘌呤片、甲氨蝶呤片治療。
5. 性傳播疾病：梅毒、淋病、尖銳濕疣等可引起生殖器潰瘍。梅毒可注射苄星青霉素、普魯卡因青霉素、水劑青霉素，遵醫囑用藥；淋病常用頭孢曲松鈉注射液、大觀霉素注射液、阿奇霉素片，遵醫囑使用；尖銳濕疣可外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、氟尿嘧啶乳膏。
治療期間要保持生殖器清潔乾燥，避免性生活，防止交叉感染。飲食上避免辛辣刺激性食物，多休息，按要求定期復查，以便及時調整治療方案。
