肛瘻的治療方法有藥物治療、坐浴治療、掛線療法、切開療法、肛瘻切除術等。
1. 藥物治療：肛瘻患者可使用抗生素類藥物，如頭孢克肟膠囊，它能有效抑制細菌生長繁殖，減輕肛瘻局部的炎症反應，緩解因感染導致的紅腫、疼痛等症狀。還有甲硝唑片，對厭氧菌有強大的抗菌作用，可針對肛瘻內常見的厭氧菌感染，控制病情發展。另外，一些具有清熱利濕、消腫止痛功效的中藥栓劑，如九華痔瘡栓，通過直腸給藥，能直接作用於肛瘻部位，減輕局部不適。這些藥物需嚴格按照醫生的囑咐使用。
2. 坐浴治療：對於肛瘻患者，坐浴是一種常用的輔助治療方法。使用溫水或加入適量高錳酸鉀的溶液進行坐浴，能促進局部血液循環，改善肛瘻部位的血液供應，有助於減輕局部的腫脹。同時，溫水的溫熱作用可緩解括約肌痙攣，減輕疼痛。高錳酸鉀具有強氧化性，能起到消毒殺菌的作用，減少局部細菌滋生，降低感染風險，從而促進肛瘻病情的恢復。一般每天坐浴1 - 2次，每次15 - 20分鐘。
3. 掛線療法：掛線療法適用於距離肛門3 - 5cm內，有內外口的低位或高位單純性肛瘻。該方法是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘻。一方面，橡皮筋或藥線的持續張力可使局部組織缺血、壞死，逐漸切開瘻管；另一方面，在切開過程中，由於其慢性切割的特點，能使斷端的肌肉與周圍組織產生粘連，防止肛管直腸環突然斷裂回縮而引起肛門失禁。這種療法操作相對簡單，對肛門功能影響較小。
4. 切開療法：切開療法主要用於低位肛瘻。通過手術將肛瘻的瘻管全部切開，使其引流通暢，肉芽組織從基底部向上生長，最終愈合。因為低位肛瘻位置相對較淺，切開後不會損傷過多的肛門括約肌，能較好地保留肛門的正常功能。手術時要準確找到內口並徹底切開，清除瘻管內的壞死組織，保證引流通暢，這樣才能有效防止肛瘻復發。
5. 肛瘻切除術：肛瘻切除術適用於低位單純性肛瘻且瘻管管壁組織較硬、纖維化明顯的情況。手術直接將肛瘻的瘻管、內口、外口以及周圍的瘢痕組織完整切除。這種方法能徹底去除病變組織，防止殘留的病變組織導致肛瘻復發。但由於切除範圍相對較大，術後創面愈合時間可能較長，對患者術後的護理要求也較高。
治療期間要保持肛門清潔，排便後及時清洗。飲食上避免食用辛辣、油膩等刺激性食物，多吃富含膳食纖維的食物，保持大便通暢，防止便秘或腹瀉加重肛瘻症狀。按照醫生要求定期換藥，觀察傷口愈合情況，如有異常及時與醫生溝通。
