扁平疣可能是皮膚破損、免疫力低下、病毒感染、接觸傳染、遺傳因素等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有藥物治療、物理治療等。
1. 皮膚破損：皮膚出現微小破損時，人乳頭瘤病毒容易侵入並感染上皮細胞，從而引發扁平疣。可在醫生指導下外用維A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶軟膏，促進表皮細胞更新，調節細胞免疫，抑制病毒複製。
2. 免疫力低下：當身體免疫力下降，無法有效抵御病毒入侵，易感染人乳頭瘤病毒導致扁平疣。可通過加強鍛鍊、規律作息、均衡飲食提升免疫力，也可遵醫囑口服轉移因子膠囊、胸腺肽腸溶片、匹多莫德口服液增強免疫功能。
3. 病毒感染：人乳頭瘤病毒感染是扁平疣發病的直接原因，該病毒在適宜條件下大量繁殖，引起皮膚病變。可採用激光、冷凍、電灼等物理方法去除疣體，也可遵醫囑使用重組人干擾素α2b凝膠、重組人白介素-2注射液、重組人干擾素γ注射液抗病毒治療。
4. 接觸傳染：直接接觸扁平疣患者的疣體或間接接觸被污染的物品，都可能感染病毒引發疾病。避免與患者密切接觸，不共用毛巾等物品，已感染可遵醫囑外用鬼臼毒素酊、水楊酸軟膏、酞丁安搽劑治療。
5. 遺傳因素：部分人因遺傳因素，對人乳頭瘤病毒易感性較高，比常人更易患病。可在醫生建議下選擇光動力治療，配合口服左旋咪唑片、薄芝糖肽注射液、香菇菌多糖片調節免疫，抑制病毒。
日常要保持皮膚清潔，避免搔抓疣體以防擴散，治療期間嚴格按醫生要求用藥和復診，根據恢復情況調整治療方案。
