小耳畸形可能是遺傳、孕期感染、孕期接觸有害物質、耳部胚胎發育異常、外傷等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有手術治療、佩戴助聽器等。
1. 遺傳：遺傳因素在小耳畸形中較為常見，某些基因的突變或異常遺傳模式可導致小耳畸形的發生。對於因遺傳導致的小耳畸形，通常根據畸形程度選擇合適的手術方式，如耳廓再造術，通過取自體肋軟骨等材料來重建耳廓形態；也可在合適年齡佩戴助聽器改善聽力。
2. 孕期感染：孕期母體若感染風疹病毒、巨細胞病毒等，可能影響胎兒耳部的正常發育，引發小耳畸形。若因孕期感染導致小耳畸形，出生後可先評估耳部情況，輕度畸形可通過佩戴矯正器在早期進行一定程度的改善；嚴重畸形則需待年齡稍大後進行手術修復，如外耳道成形術等，以改善耳部結構和功能。
3. 孕期接觸有害物質：孕期母親若接觸如化學毒物、放射性物質等有害物質，可能幹擾胎兒耳部發育。對於此類情況，出生後根據具體畸形情況，可採用手術治療，如耳郭重建手術，利用組織擴張器等技術塑造新的耳廓；同時，若存在聽力問題，可遵醫囑佩戴合適的助聽器，如耳背式助聽器、耳道式助聽器、深耳道式助聽器 。
4. 耳部胚胎發育異常：在胚胎發育過程中，耳部的正常發育受到干擾，如第一、二鰓弓發育異常等，可造成小耳畸形。針對這種情況，多采用手術治療，如分期耳廓再造術，逐步構建完整的耳廓；對於合併聽力障礙的，可考慮植入人工耳蝸來恢復聽力。
5. 外傷：孕期母親腹部受到外傷或胎兒出生時耳部受到產傷等，可能導致小耳畸形。出生後根據外傷造成的畸形程度，可進行手術修復，如瘢痕修復、耳部結構重建等手術；若有聽力損傷，可通過佩戴骨導助聽器、氣導助聽器、隱形助聽器等改善聽力 。
小耳畸形治療後要注意耳部護理，保持清潔乾燥，避免外力碰撞耳部。定期到醫院復查，觀察耳部恢復情況。按照醫生要求進行後續的康復訓練或治療，確保治療效果的穩定性和持續性。
