不存在治療幽門螺旋桿菌最好的方法，因為治療方案需依據患者個體情況制定，不同方案各有優劣。
治療幽門螺旋桿菌通常採用質子泵抑制劑、鉍劑和抗生素聯合的方式。抗生素的選擇很關鍵，常見的有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑等。阿莫西林殺菌作用強，副作用相對較少，但部分患者可能存在過敏情況。克拉霉素對幽門螺旋桿菌有較好的抑製作用，不過可能會有胃腸道不適等不良反應。甲硝唑價格便宜，然而耐藥率較高。
質子泵抑制劑能抑制胃酸分泌，為抗生素發揮作用營造良好的環境，像奧美拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑等都較為常用。鉍劑則可保護胃黏膜，輔助抗生素殺菌，比如枸櫞酸鉍鉀。
治療療程一般為10 - 14天。在治療過程中，患者要嚴格按規定時間和劑量服藥，以保證藥物療效，徹底清除幽門螺旋桿菌。若隨意增減藥量或停藥，不僅可能導致治療失敗，還會增加細菌耐藥的風險。
治療結束後，需進行復查，確認幽門螺旋桿菌是否被成功根除。常用的復查方法是尿素呼氣試驗，這種檢查無痛、便捷。
日常生活中，要注意飲食衛生。盡量不吃生冷食物，像未徹底清洗的蔬菜、水果、未煮熟的肉類等都可能帶有細菌。提倡使用公筷、公勺，避免交叉感染。保持良好的生活習慣，規律作息，適當運動，增強自身免疫力，也有助於抗幽門螺旋桿菌。
