肝囊腫的治療藥物有熊去氧膽酸、阿苯達唑、甲苯咪唑、吡喹酮、頭孢類抗生素等。
1. 熊去氧膽酸：可增加膽汁酸的分泌，改變膽汁成分，可能對部分肝囊腫有一定的調節作用，尤其對於一些與膽汁代謝相關的肝囊腫，它能促進膽汁的正常排泄，在一定程度上緩解囊腫的發展。但通常需要較長時間的服用，且具體療效因個體差異有所不同。
2. 阿苯達唑：主要用於治療寄生蟲感染引起的肝囊腫。當肝囊腫是由寄生蟲，如肝包蟲等感染導致時，阿苯達唑能有效殺滅寄生蟲，阻止寄生蟲在肝臟內繼續生長繁殖，從而控制囊腫的發展，甚至使囊腫逐漸縮小。
3. 甲苯咪唑：同樣是針對寄生蟲感染所致肝囊腫的藥物。它通過抑制寄生蟲對葡萄糖的攝取，使蟲體糖原耗竭，無法生存和繁殖，進而達到治療肝囊腫的目的，不過在使用過程中可能會有一些胃腸道反應。
4. 吡喹酮：對多種寄生蟲有良好的殺滅作用。對於寄生蟲性肝囊腫，吡喹酮能迅速破壞寄生蟲的體表膜，使其失去保護而死亡，對控制囊腫病情有重要意義，且其療效相對較為顯著，但也可能存在一些副作用。
5. 頭孢類抗生素：當肝囊腫合併感染時，頭孢類抗生素可發揮作用。它能抑制細菌細胞壁的合成，從而殺滅細菌，減輕炎症反應，緩解因感染引起的囊腫周圍組織的紅腫、疼痛等症狀。
肝囊腫患者在選擇藥物治療時，應先明確囊腫的性質、大小、是否合併感染等情況，再根據醫生的建議合理用藥，不可自行盲目服藥，同時要定期復查，觀察囊腫的變化。
