胃腸炎常見的檢查項目有胃鏡、腸鏡、大便常規、血液檢查、腹部超聲等。
1. 胃鏡：通過將帶有攝像頭的細長管子經口腔插入胃部，能直接觀察食管、胃和十二指腸內部的情況，可清晰看到胃腸黏膜是否有炎症、潰瘍、出血等病變，對於診斷胃炎、胃潰瘍等疾病有重要意義，還可取組織進行病理檢查明確病變性質。
2. 腸鏡：把腸鏡從肛門插入，能檢查直腸、結腸和部分小腸的內部狀況，有助於發現腸道的炎症、息肉、腫瘤等問題，對於診斷結腸炎、直腸炎等腸道疾病很關鍵，同樣可在檢查時取組織做病理分析。
3. 大便常規：是一項簡單又重要的檢查，通過對糞便的外觀、性狀、顯微鏡下檢查等，可瞭解是否有白細胞、紅細胞、寄生蟲卵等，能輔助判斷腸道是否存在感染、出血等情況，對腸道炎症的診斷有一定提示作用。
4. 血液檢查：包括血常規、血生化等項目。血常規可查看白細胞、中性粒細胞等計數是否升高，判斷是否有感染及感染類型；血生化能瞭解肝腎功能、電解質等情況，有助於評估患者整體身體狀況以及是否因胃腸炎導致電解質紊亂等問題。
5. 腹部超聲：利用超聲波的反射原理，對腹部臟器進行成像。雖然對胃腸腔內病變的顯示不如胃鏡和腸鏡直接，但可觀察胃腸壁的厚度、有無腫物壓迫周圍組織等情況，對判斷是否存在腹部其他臟器病變引發的類似胃腸炎症狀有一定幫助。
進行這些檢查前，要注意飲食調整，檢查前幾天盡量避免食用過於油膩、辛辣、不易消化的食物。按照醫生要求做好檢查前準備，如胃鏡檢查需空腹6 - 8小時，腸鏡檢查前要進行腸道準備等。檢查後根據醫生建議合理安排飲食和休息，若檢查後出現不適症狀，應及時告知醫生。
