不存在子宮內膜異位症最好的治療方法，因為治療方案需依據患者年齡、症狀、病變部位、對生育的要求等多方面因素綜合考量。
藥物治療是常用手段。非甾體抗炎藥可緩解疼痛症狀，像布洛芬等，能抑制前列腺素合成，減輕疼痛與炎症。避孕藥能降低雌激素水平，讓異位內膜萎縮，適用於輕度患者。高效孕激素類藥物，如甲羥孕酮，通過抑制垂體促性腺激素分泌，使異位內膜蛻膜化、萎縮。促性腺激素釋放激素激動劑GnRHa，例如亮丙瑞林，可造成體內低雌激素狀態，形成藥物性絕經，讓異位內膜萎縮退化，但長期使用可能出現低雌激素相關不良反應。
手術治療適用於藥物治療無效、病情嚴重或有較大卵巢內膜異位囊腫者。保守性手術旨在切除異位病灶、恢復解剖結構，保留生育功能，適合有生育需求的患者。半根治性手術切除子宮及病灶，保留卵巢，可明顯緩解症狀，適用於無生育要求、年齡較輕的患者。根治性手術切除子宮、雙側附件及盆腔內所有異位內膜病灶，適用於年齡較大、病情嚴重的患者。
還有藥物與手術聯合治療。術前使用藥物縮小病灶體積，降低手術難度；術後用藥預防復發。
治療後要保持健康的生活方式，規律作息，避免熬夜，均衡飲食，多攝入蔬菜、水果、全穀物等，減少高脂肪、高糖食物。適度運動增強體質，但經期避免劇烈運動和重體力勞動。定期復查，以便及時發現問題並調整治療方案。
