瘧疾的鑒別診斷有病毒性感冒、傷寒、敗血症、鈎端螺旋體病、恙蟲病等。
1. 病毒性感冒：
瘧疾的發熱症狀有時與病毒性感冒相似，病毒性感冒多由多種病毒引起，起病較急，主要表現為鼻部症狀，如噴嚏、鼻塞、流清水樣鼻涕，也可表現為咳嗽、咽乾、咽癢或灼熱感等，一般無明顯規律性寒戰、高熱、大汗等瘧疾典型發作表現，全身症狀相對較輕，病程較短，多在一周內自愈。
2. 傷寒：
傷寒是由傷寒桿菌引起的急性消化道傳染病。持續發熱是其主要特徵，體溫可呈階梯樣上升，伴有相對緩脈、全身中毒症狀與消化道症狀，如表情淡漠、聽力減退、腹脹、便秘或腹瀉等，玫瑰疹、肝脾腫大等體徵也較為常見，與瘧疾的間歇性發作特點不同。
3. 敗血症：
敗血症是指病原菌及其毒素侵入血流所引起的臨床綜合徵。常有原發感染病灶，起病急，病情重，除高熱外，還伴有寒戰、皮疹、關節痛、肝脾腫大等，血培養可發現病原菌，而瘧疾血塗片可找到瘧原蟲，以此可作鑒別。
4. 鈎端螺旋體病：
鈎端螺旋體病是由致病性鈎端螺旋體引起的急性動物源性傳染病。多在夏秋季節發病，有疫水接觸史，臨床表現複雜多樣，常見發熱、頭痛、全身乏力、眼結膜充血、腓腸肌壓痛、淺表淋巴結腫大等，與瘧疾的臨床表現有明顯差異。
5. 恙蟲病：
恙蟲病是由恙蟲病東方體引起的急性傳染病。多發生於夏秋季節，有野外作業或草叢接觸史，特徵性表現為焦痂或潰瘍、淋巴結腫大、皮疹等，發熱多呈弛張熱型，與瘧疾的發作規律不同。
瘧疾的診斷需要綜合考慮患者的流行病學史、臨床表現及實驗室檢查結果。若出現疑似瘧疾症狀，應及時就醫，配合醫生進行相關檢查，以便明確診斷並接受規範治療。
