功能性消化不良需要與消化性潰瘍、胃食管反流病、胃癌、膽囊及胰腺疾病、全身性疾病等鑒別。
1. 消化性潰瘍：消化性潰瘍主要指發生於胃和十二指腸的慢性潰瘍，典型症狀為上腹部節律性疼痛，胃潰瘍多在進食後半小時到一小時出現疼痛，至下次進餐前緩解；十二指腸潰瘍多在空腹時疼痛，進食後緩解。通過胃鏡檢查可發現胃或十二指腸黏膜存在潰瘍病灶，而功能性消化不良胃鏡檢查一般無明顯潰瘍病變。
2. 胃食管反流病：胃食管反流病是指胃十二指腸內容物反流入食管引起燒心等症狀，可伴有反流、胸痛等表現。部分患者還可能出現食管外症狀，如咳嗽、哮喘等。與功能性消化不良不同，其症狀多與反流相關，食管24小時 pH 監測、食管壓力測定等檢查有助於診斷和鑒別。
3. 胃癌：胃癌早期症狀多不典型，可表現為上腹部不適、飽脹、疼痛等，與功能性消化不良相似。但隨著病情進展，胃癌患者會出現消瘦、乏力、黑便、腹部腫塊等症狀。胃鏡檢查及病理活檢是診斷胃癌的金標準，可明確病變性質，與功能性消化不良相區分。
4. 膽囊及胰腺疾病：膽囊炎、膽結石等膽囊疾病常表現為右上腹疼痛，可向右肩部放射，疼痛多在進食油膩食物後加重；胰腺炎多為上腹部持續性劇痛，可伴有惡心、嘔吐等症狀。通過腹部超聲、CT檢查等檢查可發現膽囊、胰腺的病變，而功能性消化不良一般無此類器官的器質性改變。
5. 全身性疾病：一些全身性疾病如甲狀腺功能減退症、糖尿病等也可能出現消化不良症狀。甲狀腺功能減退症患者由於甲狀腺激素分泌不足，導致胃腸功能紊亂，出現腹脹、便秘等表現；糖尿病患者因血糖控制不佳，可引起胃腸神經病變，出現惡心、嘔吐、食慾不振等症狀。通過相關的甲狀腺功能、血糖等檢查可進行鑒別診斷。
在出現消化不良症狀時，應及時就醫，醫生會根據具體情況進行全面的檢查和評估，以明確病因並制定合理的治療方案。患者需積極配合醫生的檢查和治療建議，如實告知自身症狀及病史，以便準確診斷和有效治療。
