一般來說，流感病毒並非都能檢測出來。
流感病毒檢測主要基於抗原檢測和核酸檢測等技術。抗原檢測是通過檢測病毒表面特定蛋白質來判斷是否感染，其原理是利用抗體與抗原的特異性結合反應。核酸檢測則是檢測病毒的遺傳物質RNA，採用如逆轉錄聚合酶鏈反應RT-PCR等技術，將病毒的核酸進行擴增後檢測，靈敏度相對較高。
多種因素會影響流感病毒的檢測結果。一方面，檢測時機很關鍵。如果在感染初期，病毒載量較低，可能無法被檢測到。比如在感染後的1 - 2天內，病毒還未大量複製，抗原或核酸的量少，檢測可能呈假陰性。另一方面，檢測方法本身存在局限性。抗原檢測雖然操作簡便、快速，但靈敏度不如核酸檢測，容易出現漏檢情況。而且不同亞型的流感病毒在結構和基因序列上存在差異，一些檢測試劑可能對某些特定亞型的識別能力有限，導致部分流感病毒無法被準確檢測出來。
在進行流感病毒檢測時，若檢測結果為陰性但仍有明顯流感症狀，不要自行判斷病情。應及時就醫，醫生會結合臨床症狀、流行病學史等綜合評估，必要時可能會再次進行檢測或採用其他診斷方法，以明確病因並給予恰當的治療。
