確診消化性潰瘍的首選方法是胃鏡檢查及胃黏膜活組織檢查。
胃鏡檢查具有諸多優勢。能直接觀察食管、胃和十二指腸黏膜，清晰地看到潰瘍的部位、大小、形態、數目等情況，對於判斷潰瘍的性質、分期等有重要意義。比如，可分辨是良性潰瘍還是惡性潰瘍，良性潰瘍通常形態規則，底部平整，周圍黏膜柔軟；而惡性潰瘍形態多不規則，底部凹凸不平，周邊黏膜僵硬、結節狀等。通過胃鏡檢查還能在直視下取活組織進行病理檢查，這對於鑒別潰瘍是良性還是惡性至關重要，是確診的金標準。病理檢查可以明確細胞的形態、結構等有無異常改變，從而準確判斷病變的性質。
胃鏡檢查還可以發現一些伴隨的病變，如幽門螺桿菌感染的相關表現、胃黏膜的其他病變等。在檢查過程中，醫生可以根據具體情況進行相應的處理，如對出血的潰瘍進行止血治療等。
與其他檢查方法相比，如X線鋇餐檢查，雖然也能發現潰瘍的存在，但對於一些較小的潰瘍或者淺潰瘍可能容易漏診，而且不能進行病理檢查，無法準確判斷潰瘍的良惡性。
在進行胃鏡檢查前，需空腹一段時間，按醫生要求做好準備。檢查後要注意休息，待麻醉作用消失後再進食，避免食用刺激性食物。若檢查後出現腹痛、黑便等異常情況，應及時告知醫生。
