兒童功能性腹痛綜合徵的病因較為複雜，通常與多種因素相關。
心理因素是一個重要的方面，如壓力、焦慮和情緒波動等，這些心理狀態可能導致孩子出現腹痛症狀。
飲食習慣也可能影響孩子的腹部健康，比如攝入過多的油膩食物或刺激性食物，以及不規律的飲食習慣，都可能引發腹痛。
腸道功能紊亂也是一個常見原因，包括腸道蠕動異常或腸道菌群失衡等。
遺傳因素可能在其中扮演一定角色，如果家族中有類似病史，孩子患病的風險可能會增加。
在治療方面，通常會根據具體情況採取不同的措施。對於由心理因素引起的腹痛，可能需要進行心理咨詢或行為療法；如果是飲食問題導致的，調整飲食結構和習慣是關鍵；而針對腸道功能紊亂的情況，建議使用益生菌來調節腸道菌群平衡。在使用任何藥物之前都應該咨詢專業醫生的意見。
