藿香正氣丸與藿香正氣膠囊的區別在劑型、生產工藝、吸收速度、藥物效果持續時間、適用範圍等方面有所體現，所有藥物都需要遵醫囑使用，不要私自用藥。如出現不適反應，需及時就醫治療。
1.劑型：藿香正氣丸屬於丸劑，藿香正氣膠囊是膠囊劑。
2.生產工藝：藿香正氣丸是將廣藿香、蒼術、陳皮、茯苓等中藥材製成的球形或類球形的固體制劑，是棕褐色的水蜜丸或大蜜丸；藿香正氣膠囊則是將藥物填裝在空心硬質膠囊中而製成的固體制劑，內容物是棕色或棕褐色的粉末及顆粒。
3.吸收速度：藿香正氣膠囊在脾胃中的吸收、溶解速度比藿香正氣丸快，所以在胃腸道中發揮作用的速度較快。
4.藥物效果持續時間：藿香正氣丸藥物吸收速度較慢，所以和藿香正氣膠囊相比，藥效作用持續時間較長。
5.適用範圍：藿香正氣丸一般用於治療慢性胃腸炎、慢性膽囊炎等慢性疾病。藿香正氣膠囊比較適合於中暑、急性胃腸炎等急性疾病的快速緩解。
對藥物成分過敏者或嚴重腎功能不全者等不建議使用此類藥物進行治療，用藥三天後，如果患者體內的症狀沒有改善，建議盡快就醫復診，讓醫生調整治療方案。
