木魚石的副作用可能會出現消化不良、過敏反應，禁忌主要包括孕婦、兒童等人群。
木魚石屬於一種中藥材，具有抗衰老的作用，可以幫助預防動脈粥樣硬化，也可以促進人體的血液循環，可以提高人體各組織細胞的活性，如果使用不當，就可能會出現副作用，比如出現消化不良、胃部不適、皮膚瘙癢、紅腫等症狀，還可能會影響到胃腸道的健康狀態，會導致部分人群產生腹部脹痛以及腹瀉的情況，也會導致自身的免疫功能受到影響。
對於孕婦以及兒童等人群要避免使用，以免影響到身體健康，也可能會影響到疾病的治療，尤其是慢性消化道疾病的患者，要避免使用，如果在使用期間身體出現不適的症狀，一般在停止藥物以後症狀就能夠得到改善。
使用木魚石的藥物期間，要避免和其他滋補性的中藥一起使用，也要避免抽煙喝酒，以免影響到藥物發揮，如果不良的反應持續不好，可以及時到醫院就醫治療。
