呼吸機濕化水常用的液體有蒸餾水或無菌純淨水。
通常情況下蒸餾水和無菌純淨水要比自來水更加的純淨，而且自來水中含有鋁元素、重金屬、礦物質等化學物質，如果直接加入到呼吸機濕化器內，容易造成呼吸道產生刺激，而蒸餾水和無菌純淨水不含有潛在的有害化學物質，安全性高，可以降低細菌、病毒或者是其他微生物滋生的幾率，從而減少感染的可能性。另外使用蒸餾水或者是無菌純淨水，還可以減少呼吸機濕化器內部水垢或細菌沈積的風險，可以保持設備的清潔，延長使用壽命。
雖然在使用呼吸機濕化器時，選擇蒸餾水和無菌純淨水效果比較理想，但是也要按照說明書根據具體的填充液要求進行使用。在使用期間要注意多休息，保持室內空氣流通，定時打開窗戶通風換氣。
