鼻咽鏡和鼻內鏡不一樣，鼻咽鏡和鼻內鏡一般是使用的器械材質不同、觀察的位置不同、應用的方向不同等。
1.使用的器械材質不同：鼻咽鏡一般是使用一個軟性材質的鏡頭從口腔插入到鼻咽部檢查。而鼻內鏡則是使用硬性材質的內鏡，從前鼻孔插入，帶有光源有充足的光線，通過鏡像放大，能深入鼻腔內清晰地觀察。
2.觀察的位置不同：鼻咽鏡通一般可對整個鼻腔、鼻竇開口區域、咽喉部等進行仔細全面的檢查。而鼻內鏡通常可以看到鼻腔、鼻道的情況。
3.應用的方向不同：鼻咽鏡主要是運用於鼻部和鼻咽部檢查，以利於疾病的發現及診斷。而鼻內鏡通常用於鼻竇手術等深入的手術中，可以減小創傷，加快術後恢復，並一定程度的減少神經損傷。
除上述不同外，鼻咽鏡和鼻內鏡的適應的症狀不同。建議患者向醫生說明病史後再選擇鼻咽鏡或鼻內鏡，有高血壓、心肺功能不全、有出血傾向的患者建議不要做咽鏡或鼻內鏡。
