包涵體結膜炎可採用一般治療、藥物治療以及日常護理等方法處理。
1.一般治療
如包涵體結膜炎患者的症狀輕微，可採用冷敷方法處理，能夠起到消腫以及止痛的療效。另外可使用硼酸水或者是生理鹽水沖洗結膜囊，但在沖洗時應當小心操作，以免用力過大損傷到角膜上皮，引發眼部感染髮生。
2.藥物治療
藥物是治療包涵體結膜炎的首選療法，可遵醫囑選用抗生素藥物，比如利福平膠囊、阿奇霉素分散片等達到殺菌及消炎的療效，促進結膜健康的恢復。必要時給予患者抗過敏藥物治療，常用藥物有氯苯那敏片，及早用藥能夠抑制過敏反應，控制病情的進展。
3.日常護理
包涵體結膜炎患者出門時需要佩戴墨鏡，這樣才能減少光線的不良刺激。平時要注意個人衛生，患者使用的臉盆、毛巾等均應當單獨使用，切記不能與他人混用，以免引發交叉感染出現。
如包涵體結膜炎患者的分泌物增多，且伴有渾濁、黏稠的情況出現，需立即就醫治療。對於出現嚴重組織損傷及併發症的患者，需考慮手術方法處理。
