發生扁桃體囊腫後如果囊腫比較小，並且沒有明顯的症狀，可以先不用去處理，只要定期到醫院復查即可。如果出現咽喉的異物感、咳嗽等情況時，可以選擇藥物治療，比如頭孢泊肟酯片、鹽酸侖氨西林片、頭孢丙烯分散片、小兒咽扁顆粒。
1.頭孢泊肟酯片
大多數的扁桃體囊腫是因為扁桃體炎久治不愈導致的，此時可以選擇抗生素治療，比如頭孢泊肟酯片，這種藥物屬於第3代頭孢菌素類藥物，能抑制微生物的複製和繁殖。
2.頭孢丙烯分散片
扁桃體囊腫也可以服用頭孢丙烯分散片，此藥物對多種感染性疾病都有明顯的治療效果，比如扁桃體囊腫、急性扁桃體炎、肺炎、支氣管炎。另外在服藥時如果出現腹瀉、惡心、嘔吐、腹痛的症狀，要立刻停止。
3.小兒咽扁顆粒
如果兒童發生扁桃體囊腫可以服用小兒咽扁顆粒，這種藥物是由金銀花、玄參、麥冬、牛黃組成的，能起到清熱利咽、解毒的效果。
4.鹽酸侖氨西林片
發生扁桃體囊腫後，如果對頭孢過敏，可以服用鹽酸侖氨西林片，這種藥物可以緩解扁桃體囊腫、扁桃體發炎導致的咽喉不適。
