阿莫西林和甲硝唑是兩種不同的藥物，其治療的疾病不同，在不同的疾病中它們都發揮著不錯的效果，所以這兩種藥物是沒有辦法比較的。阿莫西林主要治療的疾病有上呼吸道感染、泌尿生殖道感染、單純性淋病等，甲硝唑主要適用於厭氧菌感染所致的疾病，如口腔科疾病、婦科疾病等。
一、阿莫西林主要治療的疾病
1.呼吸道感染：由肺炎鏈球菌、葡萄球菌、流感嗜血桿菌所致的上呼吸道感染或者下呼吸道感染，可以服用阿莫西林，具有很好的抗菌作用，常見的疾病有鼻竇炎、咽炎、扁桃體炎、支氣管炎、肺炎等；
2.泌尿生殖道感染：由大腸埃希菌、奇異變形桿菌、糞腸球菌所致的泌尿生殖道感染，可以服用阿莫西林，常見的疾病有前列腺炎，附睪炎等；
3.單純性淋病：由淋病奈瑟菌引起的單純性淋病，可以服用阿莫西林，能起到較好的殺菌作用，除此之外還可以配合服用慶大霉素、卡那霉素等藥物進行治療。
二、甲硝唑主要治療的疾病
1.口腔科疾病：由厭氧菌引起的口腔科疾病，可以使用甲硝唑進行治療，如根尖周炎、牙齦炎等，具有一定的消炎鎮痛的效果；
2.婦科疾病：由厭氧菌引起的陰道炎、盆腔炎、宮頸炎等婦科疾病，可以服用甲硝唑，具有較好的殺菌消炎效果。
