中醫灌腸如果操作不當，使用的藥物有問題，也會有一定的危害，配置灌腸液的時候，應該避免使用對腸粘膜有腐蝕作用的藥物。
如果出現有腐蝕有可能會導致腸粘膜損害，會出現有發熱，嚴重有可能還會出現有全身症狀，插入肛管的時候應該手法輕柔。
如果手法過於粗暴，有可能會導致黏膜損傷，也有可能會出現有感染，同時如果有痔瘡手法更應該要輕柔一些。
在灌腸的過程中還要避免吹風受涼，飲食方面也要注意，不要喝冰凍冷飲，不要吃肥甘厚味的食物，難以消化的食物，以免加大了腸道的負擔，從而也會導致腸道損傷或者還會影響藥物的效果，進行中醫灌腸一定要到正規的醫院找專業的醫生。
