細菌性陰道炎治療原則為選用抗厭氧菌藥物，主要有甲硝唑，替硝唑，克林霉素，甲硝唑抑制厭氧菌生長，不影響乳酸桿菌，是較理想的治療藥物。
1.口服用藥，首選甲硝唑400毫克，每日兩次，共服7天，替代方案替硝唑兩克口服，每日一次，連服三天，或克林霉素300毫克，每日兩次，連服7天；
2.局部藥物治療，含甲硝唑栓劑200毫克，每晚一次，連用7天，或2%克林霉素軟膏陰道壁塗抹，每次5克，每晚一次，連用7天，用藥期間避免同房，經期停藥；
3. 孕期細菌性陰道病的治療，細菌性陰道病與不良的妊娠結局有關，所以任何有症狀的細菌性陰道病孕婦均需要篩查及治療。排除陰道出血、前置胎盤的情況後，可以選擇甲硝唑栓陰道上藥。
