肛瘻的最佳時間，一般是在肛周膿腫破潰，或者切開引流後三個月左右。三個月左右時間，肛瘻的瘻管大多已經形成慢性的纖維化，瘻管明確，在手術時也能夠很好的找到內口，並做出正確的判斷，可以提高術後的治癒率，減少復發率。肛瘻分為高位肛瘻和低位肛瘻，手術方式也有所不同。低位肛瘻，一般行肛瘻瘻管切開或者肛瘻瘻管切除術。而高位肛瘻如果一次性切開，有可能會導致術後患者肛門失禁，需要行掛線術。掛線術的目的是使用有彈性的橡皮筋起到切割作用，使局部組織邊切邊長，防止術後的肛門失禁。
對於肛瘻疾病確診之後，診斷明確之後應該進一步的選擇手術治療，常見的就是感染因素所導致的那個手術也是最主要的一種治療手段。以免病情逐漸加重，簡單性的肛瘻轉變成複雜性的肛瘻。那麼在術中也要仔細的探查，確切地找到內口，而手術以後也需要對症抗感染治療。具體每個病人的恢復都有所不同，而手術以後也需要。注意局部衛生，定期清洗坐浴。
而對一些特殊原因所導致的，比如說炎症性腸病，那麼，需要針對性的抗炎治療。還有就是平時應該注意飲食規律，保持。排便規律，不能暴飲暴食，不要吸煙和飲酒。補助多纖維的食品，新鮮的蔬菜，應季的水果，富含維生素類食物，都有利於疾病的恢復定期檢查。
