房間隔缺損進行封堵手術，通常治療風險很小，一般無手術死亡，術後康復都比較快。但也有個別的情況出現以下的相關後遺症及併發症：
第1個，就是冠狀動脈氣栓，在介入治療操作的過程中，可能氣體會進入人體的左心房，最終到達右冠狀動脈，這時患者可能會出現急性冠狀動脈栓塞的表現，通常可以通過藥物干預來治療這種併發症。
第2種，就是封堵器的脫落，封堵器的脫落，需要通過介入或外科手術的方法取出封堵器，並進一步治療。
第3種，血栓形成，這多半是由於術中術後的抗凝藥物使用不當而引起。
第4種，心臟壓塞，心臟壓塞是因為導絲穿破心臟造成了損傷，並引起出血，是一種比較嚴重和立刻需要進行手術治療的併發症，否則可能會有生命危險。
