根治口臭可使用的藥物有藿香清胃膠囊、牛黃清胃丸、甲硝唑含片、復方氯己定含漱液、米諾環素膠囊等，使用這些藥物均需嚴格遵醫囑。
1. 藿香清胃膠囊：為膠囊劑，具有清熱化濕、醒脾消滯的功效。適用於脾胃伏火引起的消化不良、脘腹脹滿、不思飲食、口苦口臭等症。用藥時需注意飲食清淡，忌煙、酒及辛辣、生冷、油膩食物。不適用於口乾、舌紅少津、大便乾者。孕婦忌服。用法為口服。
2. 牛黃清胃丸：屬於丸劑，能清胃瀉火、潤燥通便。可用於心胃火盛、頭暈目眩、口舌生瘡、牙齦腫痛、乳蛾咽痛、便秘尿赤等導致的口臭。用藥期間不宜同時服用滋補性中藥。脾胃虛寒者慎用。用法為口服。
3. 甲硝唑含片：含片劑型，對厭氧菌有強大的抗菌作用，可用於治療口腔厭氧菌感染導致的口臭。使用時含服即可。使用過程中可能會有口乾、口中金屬味等不良反應。有活動性中樞神經疾病和血液病患者禁用。孕婦及哺乳期婦女禁用。
4. 復方氯己定含漱液：作為含漱液，有抗菌、消炎的作用，能減少口腔細菌滋生，改善口臭症狀。含漱即可。長期使用可能導致牙齒著色、味覺失調等。對本品過敏者禁用。
5. 米諾環素膠囊：膠囊制劑，具有廣譜抗菌作用，可用於治療因口腔炎症等引起的口臭。口服使用。服用後可能會出現惡心、嘔吐等胃腸道反應。對四環素類藥物過敏者禁用。孕婦、哺乳期婦女及8歲以下兒童禁用。
在使用藥物治療口臭時，除嚴格遵醫囑外，還應保持良好的口腔衛生習慣，早晚正確刷牙、飯後及時漱口。同時，注意飲食規律，避免食用過多刺激性食物，積極治療可能引發口臭的全身性疾病，如胃腸道疾病等，綜合調理以達到更好的治療效果。
